O Programa Educativo da Escola Ciência Viva proporciona a todos os estudantes que a frequentam atividades de aprendizagem de acordo com periodicidade, calendário e horário definidos em conjunto com os Agrupamentos de Escolas parceiros. Como parte do seu Programa Educativo, a Escola Ciência Viva oferece, de forma regular, espaços de interação pessoal e presencial entre estudantes, docentes, profissionais de ciência e tecnologia e equipa do Pavilhão do Conhecimento, sob a forma de ações ou iniciativas organizados para o efeito.

Incluindo elementos do currículo de educação formal, abordados num contexto experimental com metodologias inovadoras de aprendizagem, e em contacto regular com instituições de investigação científica e de ensino superior, o Programa disponibiliza semanas temáticas.